7〜9巻 穀雨の章（夏Aチーム）
チーム選抜のために集められた子どもたちは、生まれた時から未来で生き残る術を徹底的に叩き込まれる。
幼い頃から成績トップの安居（あんご）と涼（りょう）。
17歳になったとき、未来にいくメンバーに選ばれるのはたった7人。
安居は幼馴染の茂（しげる）と小瑠璃（こるり）と共に、必ず未来に行くと心に誓っていた。
最終選考も近くなった頃、安居は入れられた懲罰房で、今まで落第した生徒たちが殺されていたという事実を知ってしまう。
（出典：7SEEDS）
チームに選ばれなければ生き残れない。生き残りをかけた最終試験はすでに始まっていた。
次々と不審な事故で死んでいく生徒たち。過酷なデスゲームは残りが7人になるまで続けられる。
罠にはまった安居を助けようとした茂は、涼・安居とともに洞窟の中で窮地に立たされる。重傷をおってなお安居を助けようとした茂だったが、最後は自分で命綱を切ってそのまま亡くなってしまった。
最終的に選ばれたのは、安居・涼・小瑠璃・あゆ（マドンナ）・鷭（ばん）・源五郎（げんごろう）・虹子（にじこ）。
安居はあまりのショックに、髪の半分が白くなってしまう。
そのまま未来で目覚めた夏Aチームは、目覚めてすぐ、自分たちに非常な仕打ちをした教師でありガイド・卯浪（うなみ）を全員で殺してしまったー
9〜12巻 灰の章（春・秋チーム『シェルター編』）
筏を作って九州を目指す花・ハル・新巻の3人。花は長かった髪をバッサリ切る。
たどり着いた九州の地は灰が降り積もり、残っていた夏Bチームは拠点を捨ててすでに移動していた。
夏Bチームの後をおって関西方面にむかった花たちは、降り続ける灰から逃れるために入った地下で、仲間割れした秋チームと出会う。
（出典：7SEEDS）
ハルを人質に取られ、地下奥を調査することになった花と新巻と十六夜。
たどり着いた先は、かつて人々が避難していた大規模シェルター『龍宮』の成れの果てだった。
お笑い芸人マークの日記から、ここで人々が必死に生きていたこと。最後はダニXの感染により滅びてしまったことを知った花たち。
最後まで人々を励まし続けたマークやマリアたちは、ダニXが未来の人々に感染しないように自分たちごと貯蔵庫の冷凍室に封じたのだ。
（出典：7SEEDS）
しかし秋ヲと蘭によって、貯蔵庫のドアが開かれてしまう。花たちはすぐに貯蔵庫を封じたが、火災が発生し、さらにボロボロの地下に閉じ込められてしまう。
花たちは蘭たちと協力し、ハルの音を頼りに何とか元の場所へと帰りつくことができた。
ところが地下から脱出した花たちを待ち構えていたのは防護服を着た夏Aチーム。
ダニを持ち帰ってきたと思われた花たちは銃を向けられ、蘭を庇った十六夜が撃たれて亡くなってしまう。
12〜16巻 夏至の章 （夏Bチーム・春秋夏Aチーム）
船を手に入れて船出という暴挙にでたナツ・蟬丸・嵐の3人は、九州へ向かっていた。
海上を漂流する春チームのひばりを拾った3人。
花・ハルを除く春チームは洪水によってばらばらになっていたのだ。
親戚である蛍の気配を感じることができるひばりは、「蛍が死にかけている」とつぶやく。
蛍たち残りの夏Bを探すナツたちは、灰で壊滅した秋チームの村にたどり着いた。
花の書き置きをみつけたナツだったが、嵐に伝える前に思わず手紙を隠してしまう。
（出典：7SEEDS）
百舌・まつりと合流したナツたちは、牡丹や蛍たちが遺跡内に取り残されて死にかけていることを知る。
牡丹たちを救出して夏Bチームが全員揃った。ナツは「愛する人は幸せでいてほしいでしょう」という牡丹の言葉を聞き、嵐に花の手紙を渡す。
蛍にライバル心を持つひばりは、夏Bチームから離れて、洪水で流された春チームの角又と合流する。
嵐の彼女・花が春チームにいることがわかった夏Bチームは、嵐を花に会わせるため、他の人間を探すために船をだす。
一方、夏Aチームは持ち前の知識と技能を使って、どこのチームよりも立派な村を築いていた。
植物に詳しいあゆは、洪水で流されてきた桃太郎を使い、植物の毒性を確かめる人体実験を行う。
（出典：7SEEDS）
春チームの拠点を探して、秋チームと移動していた花・ハル・新巻の3人。
桃太郎の痕跡をみつけた花・新巻・蘭・秋ヲ・朔也たちは、安居たちによって動物たちを引き寄せるための囮に使われる桃太郎を発見する。
その頃、天然の炭楽器をみつけたハルは、空を飛んでいた小瑠璃と出会い、交流を深めていた。
夏Aから桃太郎を救出しようとした花たちだったが、逆にピンチになる。蘭たちはハルと一緒にいた小瑠璃を人質にとって対抗する。
（出典：7SEEDS）
その時、大量のスケルトン蝙蝠が人が襲い始める。
花や安居たちは蝙蝠を退けることに成功するが、蘭たち秋チームは大怪我を負ってしまった。
小瑠璃は怪我人がいることを鷭に知らせる。小瑠璃とハルの機転で蝙蝠を撃退することができた花たちは、怪我人のために夏Aの村に身を寄せることに。
夏Aチームの先導で始まった共同生活で、花は安居にきつく当たられる。
小瑠璃と仲良くなったハルは沼に落とされて殺されそうになり、ついには、花の父親が教師・貴士であることを知った安居が花をレイプしようとする。
身の危険を感じた花は村をでようと決意するが、乾季に向けた水探しの途中に涼によって崖下に落とされ、急流に押し流されてしまった。
